Στις 4 Νοεμβρίου του 1254 μ.Χ. ο ευσεβής αυτοκράτορας της Νίκαιας Ιωάννης ο 3ος ο Βατάτζης παρέδωσε εν ειρήνη την ψυχή του στα χέρια του Θεού. Το τίμιο λείψανό του ενταφιάσθηκε στο Μοναστήρι του Σωτήρος Χριστού, που είχε κτίσει ο ίδιος στο Νυμφαίο της Βιθυνίας.
Στα επόμενα χρόνια δια αποκαλύψεως ο ίδιος ο Ιωάννης ζήτησε να μεταφερθεί το λείψανό του στη Μαγνησία της Μικράς Ασίας. Όταν μετά από 7 χρόνια άνοιξαν τον τάφο του, μία γλυκειά ευωδία απλώθηκε τριγύρω. Έκπληκτοι διαπίστωσαν όλοι ότι και το σώμα του ήταν άφθαρτο, σαφές δείγμα αγιότητας. Δεν είχε κανένα απολύτως σημείο που να φανερώνει ότι ήταν νεκρός. Το χρώμα του σώματος ήταν όπως κάθε φυσιολογικού ανθρώπου, ακόμη κι αυτά τα ρούχα του είχαν διατηρηθεί επί 7 χρόνια άφθορα και έμοιαζαν σαν να τα είχαν ράψει εκείνη τη στιγμή. Έτσι αντιδοξάζει ο Θεός εκείνους που τον δοξάζουν στη γη.
Ο θρύλος του μαρμαρωμένου βασιλιά
Από τότε το τίμιο λείψανο του Αγίου Βασιλέως Ιωάννη του Βατάτζη του ελεήμονος, κατατέθηκε σε Ναό της Μαγνησίας. Μάλιστα όπως σημειώνει ο βιογράφος του, χριστιανοί που προσέφευγαν στον άγιο ανταμείβονταν θαυμαστά. Στο ιερό λείψανο ασθένειες θεραπεύονταν, διώκονταν δαίμονες….
Ο ιστορικός της εποχής αναφέρει ακόμα ότι επί βασιλείας του Ανδρόνικου του Παλαιολόγου κατά τις επιδρομές των Τούρκων στην Μαγνησία, ο καστροφύλακας παρατήρησε πολλές φορές μία αναμμένη λαμπάδα να περιφέρεται στα τείχη. Έστειλε ανθρώπους του να ερευνήσουν το φαινόμενο μα δεν τα κατάφεραν. Τέλος εστάλη ο κωφάλαλος αδελφός του καστροφύλακα. Σ’ αυτόν έγινε η αποκάλυψη και επιστρέφοντας του δόθηκε και η θεραπεία. Και έτσι διηγήθηκε ότι στο μέρος εκείνο που φαινόταν το φως της λαμπάδας, βρήκε έναν άνδρα μεγαλοπρεπή με βασιλικό παράστημα ο οποίος μεγαλοφώνως προέτρεπε τους χριστιανούς να συνεχίσουν την άμυνα. Την μορφή αυτή την αναγνώρισε στο ιερό σκήνωμα του Αγίου Βασιλέως Ιωάννη Βατάτζη. Από τότε αναγνωρίσθηκε ως Άγιος και η μνήμη του ορίσθηκε να τιμάται στις 4 Νοεμβρίου.
Το άφθαρτο λείψανό του μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη που είχε ήδη ελευθερωθεί από τους Φράγκους, όπου και το τύλιξε ο θρύλος του Μαρμαρωμένου Βασιλιά. Κατά την άλωση της Πόλης από τους Τούρκους κρύφθηκε σε κάποια κατακόμβη. Κι από τότε καρτερεί την απελευθέρωση της Βασιλεύουσας.
